Весной 1920 года Томск постигло новое бедствие. «Разлив Ушайки и Томи достиг колоссальных размеров и превратился в давно небывалое наводненье».
Но оно не застало город врасплох. К чести революционных властей, были заранее приняты меры, которые позволили быстро приступить к оказанию помощи пострадавшим и снизить риск гибели людей. На реке разместили наблюдательные посты. Жителей заблаговременно предупредили об угрозе. Были организованы спасательные отряды, определены здания для размещения пострадавших. Почти весь караван судов, зимовавших у Томска, был заведён в устье Ушайки в безопасное место.
К работе привлекалась масса людей, в том числе на безвозмездных началах: коммунисты, комсомольцы, Томское добровольное пожарное общество, представители профсоюзов, воинские части.
Наводнение началось ночью 23 апреля. Около часа после полуночи в районе Томска произошла первая подвижка льда, после чего река начала стремительно подниматься и хлынула на улицы города, затапливая подвалы и нижние этажи зданий. К трём ночи, всего через два часа после начала бедствия, уровень воды поднялся на 10 метров (!), вот-вот готовясь перелиться через дамбу, прикрывавшую часть Заозёрья.
Масштабы бедствия поражали. Оказались затоплены Заисточье, Заозёрье, Войлочная Заимка, Монастырский луг, Уржатка, Болото и даже часть Песков (центральный, более возвышенный район города). Особенно пострадало Заозёрье. Целиком были затоплены бывшие мельницы Фуксмана, Кухтерина, лесопилка Иваницкого. На первой жители принуждены были спасаться на крышах, откуда они и были сняты спасательными лодками.
С началом наводнения над городом зазвучали колокола: всю ночь с пожарных каланчей каждые полчаса били в набат. По затопленным районам перемещались лодки с фонарями и красными флагами – символами спасательных команд, переправляя людей в безопасные места, развозя продовольствие и имущество пострадавших. С началом наводнения заработал особый штаб, созданный из представителей ревкома, парткома, начэвака и коммунотдела. Штаб организовал спасателей и начал реализацию плана по оказанию помощи людям. Он распорядился об отмене отключения подачи энергии с электростанции на ночь (что обычно практиковалось для экономии топлива). Была усилена охрана города, фактически отменён комендантский час – разрешалось передвигаться ночью без пропусков. Жители пострадавших квартир переселялись в особые большие здания или перемещались на верхние этажи затопленных домов. Организованы бесплатные для пострадавших переправы через образовавшиеся протоки. В городе начали действовать 10 районных питательных и амбулаторных пунктов. Взрослым раздавали хлеб и колбасу, детей кормили также манной кашей. Для ликвидации ледяных заторов производились взрывы. Велись работы по досыпке дамбы…
Усиленная работа, подчас с риском жизни, продолжалась несколько дней. Принятые меры помогли избежать больших людских жертв. Их, по сведениям газетчиков, было всего две: скончался больной тифом после доставки его из затопленного дома в амбулаторный пункт, и утонула женщина при попытке переправиться через затопленный Монастырский луг.
Быстрая убыль воды началась 28 апреля, но часть улиц по-прежнему была в воде. К работе приступила комиссия по возмещению убытков пострадавшим; предполагалось, что компенсации будут выплачиваться натурой. В связи с наводнением ряд намеченных ранее мероприятий пришлось перенести, в том числе и торжества по случаю одного из самых главных праздников пролетарского государства – 1 Мая.