В книжном собрании музея особенно ценной является коллекция славяно-русских рукописных книг. Первые и наиболее ценные раритеты коллекции поступили в музей в 1920-е годы. Это были 7 рукописей XVI–XIX вв. из старообрядческой библиотеки староверов поморского согласия Нифантовых: знаменитый памятник русской исторической литературы, один из древнейших списков «Книги Степенной царского родословия» и «Псалтырь толковая» (XVI в.), Хронограф (XVII в.) и Октоих на крюках (XVIII в.) и др.
В результате экспедиционных сборов сотрудников музея в 1980–90-х гг. в фонд музея поступила «Заимочная», или Тиуновская, коллекция. Самой ранней рукописью «Заимочной» коллекции является Евангелие первой половины XVI в.
На сегодняшний день коллекция рукописных книг включает в себя 184 предмета основного фонда и 17 научно-вспомогательного. Из них 124 рукописи (XVI–XX вв.) выполнены на бумаге, 11 из них имеют берестяной переплет. Коллекция книг на бересте состоит из 60 предметов основного фонда, а также 15 заготовок без текста.
Полное научное описание рукописей и электронная копия находятся в электронной библиотеке Научной библиотеки НИ ТГУ.
ТОКМ 7903/8. [Платон (Левшин). Сокращенный катехизис для обучения отроков с присовокуплением молитв и христианского нравоучения. 1770]. XVIII в. (70-е гг.). 129 лл.
ТОКМ 7903/19. Сборник старообрядческий. XIX в. (20-е гг.). 62 лл.
ТОКМ 7903/28. Сборник старообрядческий (фрагмент). XIX в. (20-е гг.). 7 лл.
ТОКМ 7903/17. Псалтирь. XIX в. (20-30-е гг.). 280 лл.
ТОКМ 7903/20. Сборник старообрядческий молитвенный. XIX в. (30-е гг.). 186 лл.+ III перепл.л.
ТОКМ 7903/24. «Послание патриархов восточно-кафолическия церкви о православной вере» и «Послание святейшаго Антония, патриарха Цареградскаго, в Новгород». XIX в. (30-е гг.). 15 лл.+ III перепл.л.
ТОКМ 7903/11. Цветник. XIX в. (30-е – 50-е гг.). 130 лл.
ТОКМ 7903/16. Устав. XIX в. (40-е гг.). 182 лл.
ТОКМ 5753. Минея праздничная (фрагмент). XIX в. (60-70-е гг.). 284 лл.
ТОКМ 7903/22. Никон Черногорец. Тактикон. XIX в. 1873 г. 321 лл.
ТОКМ 6256. «Книга сия о антихристе» (сборник старообрядческий). XIX в. (70-80-е гг.). 158 лл.
ТОКМ 12.266. Нафанаил игумен. Книга о вере. XIX в. (70-80-е гг.). 134 лл.
ТОКМ 7903/12. Чины погребения мирянам и младенцам. XIX в. (80-е гг.). 58 лл.
ТОКМ 7903/13. Сборник старообрядческий иноческий. XIX в. (80-е гг.). 491 лл.
ТОКМ 7903/21. Канонник. XIX в. (80-е гг.). 211 лл.+V перепл. л.
ТОКМ 7903/23. Сборник старообрядческий. XIX в. (втор.пол.). 19 лл.
ТОКМ 6610. Псалтирь. XIX в. (кон.). 235 лл.
ТОКМ 7377. Андрей, архиеп. Кесарийский. Апокалипсис толковый и Ефрем Сирин. Слово 105. Об антихристе. XIX в. (кон.). 190 лл.
ТОКМ 14083. Сборник старообрядческий смешанного содержания (Выписки из Требника, Повесть о Мамере и др.). XIX в. (кон.). 122 лл.
ТОКМ 14183/1-5. «Памятьник». XIX в. (кон.). 12 лл. (4 вложения)
ТОКМ 6667. Поморские ответы. XIX в. (кон.) – XX в. (нач.). 627 лл.
ТОКМ 6352. Музыкально-теоретические руководства (конволют): две Азбуки певческих и Азбука демественная на крюковых нотах. XIX в. (кон.) – XX в. (нач.). 98 л.
ТОКМ 7027. Устав иноческий. XIX в. (кон.) – XX в. (нач.). 268 лл.
ТОКМ 7329. Максим Грек.Псалтирь толковая. XIX в. (кон.) – XX в. (нач.). 1142 лл.
ТОКМ 7330. Сборник выписок из Триоди цветной и Минеи праздничной. XIX в. (кон.) – XX в. (нач.). 54 лл.
ТОКМ 7333. Исаак Сирин. Слова постнические (2-я редакция). XIX в. (кон.) – XX в. (нач.). 538 лл.
ТОКМ 7352. [Иоанн Златоуст. Похвала святому мученику Варлааму]. XIX в. (кон.) – XX в. (нач.). 8 лл.
ТОКМ 7356. Азбука с дополнительными статьями. XIX в. (кон.) – XX в. (нач.). 16 лл.
ТОКМ 7358. Повесть от Патерика о Козме. XIX в. (кон.) – XX в. (нач.). 9 лл.
ТОКМ 7359. Житие Василия Нового. XIX в. (кон.) – XX в. (нач.). 96 лл.
ТОКМ 7360. Азбука. XIX в. (кон.) – XX в. (нач.). 11 лл.
ТОКМ 7363. Псалмы избранные, Символ веры и молитва. XIX в. (кон.) – XX в. (нач.). 10 лл.
ТОКМ 7367. Псалтирь с дополнительными статьями. XIX в. (кон.) – XX в. (нач.). 185 лл.
ТОКМ 7374. Канонник и Псалтирь. XIX в. (кон.) – XX в. (нач.). 198 лл.
ТОКМ 7379. Пролог на декабрь-февраль и Синоксарь (выписки). XIX в. (кон.) – XX в. (нач.). 639 лл.
ТОКМ 7380. Феофилакт Болгарский. Толковое Евангелие. XIX в. (кон.) – XX в. (нач.). 602 лл.
ТОКМ 7903/18. [Тихон Воронежский. Наставление о собственных всякого христианина должностях]. XIX в. (кон.) – XX в. (нач.). 126 лл.
ТОКМ 7903/25. Изборник 1073 г. XIX в. (кон.) – XX в. (нач.). 344 лл.
ТОКМ 7903/26. Сборник старообрядческий иноческий. XIX в. (кон.) – XX в. (нач.). 250 лл.
ТОКМ 14180. Псалтирь. XIX в. (кон.) - XX в. (нач.). 380 лл.