Научно-хранительский отдел отвечает за предметы, входящие в состав музейного фонда и хранящиеся в нём с момента открытия музея.
Музейные фонды насчитывают 228 856 единиц основного и 41 547 единиц вспомогательного фонда на 01.01.2019 г.
Коллекция ткани, кожи, кости небольшая по объему (2000 пр.), но разнообразна по составу.
Наиболее значимую часть коллекции составляет мебель, принадлежавшая семье томского золотопромышленника
И.Д. Асташева, в усадьбе которого с 1922 г. располагается музей.
Число предметов на конец 2016 года составил 77 единиц хранения основного и 113 ед. хр. научно-вспомогательного фонда.
В личных коллекциях сконцентрирована значительная часть музейного собрания, что связано с наиболее распространенным способом комплектования музейных фондов – через обращение к гражданам.