С конца XX в. научная, исследовательская работа сотрудников ТОКМ при поддержке Томского государственного университета, других организаций и спонсоров получила возможность почти на систематической основе быть реализованной в разного рода публикациях. Увидел свет ряд каталогов музейных коллекций и выставок. Выпускались научные и научно-популярные работы, посвящённые прошлому края и населяющих его народов. Ряд сотрудников музея защитили кандидатские диссертации, публикуясь в научных журналах. Материалы ТОКМ служили базой для научных исследований и сторонних исследователей, не являвшихся сотрудниками музея.
Длительная история музея, его коллекции и разноплановая деятельность имеют уже немалую библиографию. Значительная её часть представлена на электронных ресурсах ТОКМ:
– Опубликованные и неопубликованные работы сотрудников ТОКМ: сайт ТОКМ;
– Библиографический список публикаций в СМИ о Томском областном краеведческом музее // Томский областной краеведческий музей им. М.Б. Шатилова: официальный сайт.
Для удобства интересующихся сделаем экстракт из обширного перечня печатных работ. Представим ниже сжатый список публикаций, связанных с историей музея, его коллекциями и исследованиями сотрудников ТОКМ.
Григорьева С.Е. История Томского областного краеведческого музея: 1920–2000-е гг.: автореф. дисс. к.и.н. / [Том. гос. ун-т]. Томск, 2011. [28] с.
Григорьева С.Е. Научно-исследовательская, музеографическая и культурно-образовательная деятельность Томского областного краеведческого музея (1990–2010 гг.) // (1990–2010 гг.) Исторические исследования: материалы II Mеждунар. науч. конф. (г. Чита, декабрь 2013 г.). Чита: Издательство Молодой ученый, 2013. С. 65–69.
Загоскин Д.В., Черняк Э.И. Опыт и перспективы комплексного развития музейного дела в формате регионального музейного учреждения (на примере Томского областного краеведческого музея 2000–2005 гг.) // Вестник Томского государственного университета. История. Томск, 2007. №1. С. 121–131.
История музея в документах: публикация материалов из архива ТОКМ // Томский областной краеведческий музей им. М.Б. Шатилова: официальный сайт.
История Томского краеведческого музея языком архива / сост. Е.А. Андреева // Труды ТОКМ. Томск: Изд-во Томского ун-та. 2002. Т. 11. С. 3–159.
Публикации о музее // Томский областной краеведческий музей им. М.Б. Шатилова: официальный сайт.
Сергеева Н.Я. Из истории Томского краеведческого музея // Труды Томского государственного объединенного историко-архитектурного музея. Томск, 1994. T.7. С. 6–18.
Томский краеведческий музей: из прошлого в будущее / отв. ред. Э. И. Черняк. Томск: Изд-во Том. ун-та, 2003. 182 с.
Томский областной краеведческий музей им. М. Б. Шатилова. Томск, 2013. 28 с.
Томский областной краеведческий музей. [Томск, 2009]. 66 с.
Томский областной краеведческий музей. Отчет о деятельности музея за 2015 год. [Томск: ТОКМ, 2016]. 54 с.
Усадьба И.Д. Асташева – Томский областной краеведческий музей / составитель Е.А. Андреева; научный редактор Э.И. Черняк. Томск: Изд-во Том. ун-та, 2000. 47 c.
Шатилов М.Б. Исторический очерк и обзор Томского краевого музея // Труды Томского краевого музея. Томск, 1927. Т.1. С. 1–37.
Шатилов М.Б. Обзор деятельности Томского краевого музея (1927–1928 гг.) // Труды Томского краевого музея. Томск, 1929. Т.2. С. 92–104.
Томские музеи. Краеведческий музей им. М. Б. Шатилова. Муниципальные музеи: материалы к энциклопедии «Музеи и музейное дело Томской области» / под ред. Э.И. Черняка. Томск: Изд-во Томского университета, 2012. 411 с.
Яковлев Я.А. Рассамахин Ю.К. Томский областной краеведческий музей // Томские музеи. Краеведческий музей им. М.Б. Шатилова. Муниципальные музеи: Материалы к энциклопедии «Музеи и музейное дело Томской области» / Под ред. Э.И. Черняка. Томск: Изд-во Том. ун-та, 2012. С. 3–7.
Яковлев Я.А. Томский областной краеведческий музей // Томск от А до Я: Краткая энциклопедия города. Томск: Изд-во НТЛ, 2004. С. 368–369.
Яковлев Я.Л., Рассамахин Ю.К. Томский областной краеведческий музей // Энциклопедия Томской области. Т.2: Н-Я. Томск: Изд-во Том. ун-та, 2009. С. 813–814
Видеоэкскурсии по выставкам Томского областного краеведческого музея // Томский областной краеведческий музей им. М.Б. Шатилова: официальный сайт.
Виртуальные туры [по выставкам ТОКМ] // Томский областной краеведческий музей им. М.Б. Шатилова: официальный сайт.
Выставка «Дочери Сарры»: каталог / составитель Т.Ю. Назаренко. Томск: Изд-во Том. ун-та, 2002. 102 с.
Выставки одного предмета // Томский областной краеведческий музей им. М.Б. Шатилова: официальный сайт.
Жизнь сельского священника. Конец XIX – начало XX вв.: из фонда Томского областного краеведческого музея им. М. Б. Шатилова, Государственного архива Томской области, Церковно-археологического музея Томской духовной семинарии, Музея города Северска: [выставка] / Т.Ю. Назаренко] Томский областной краеведческий музей им. М.Б. Шатилова. Томск: [б. и., 2015]. [10] с.
Карты и атласы Томского областного краеведческого музея: каталог / составитель И.В. Козлова. [Томск]: Изд-во Том. ун-та, 2002. 153 с.
Каталог этнографических фотографий И. С. Фатеева с р. Тыма 1938 и 1940 гг. из фондов Колпашевского и Томского краеведческих музеев / авторы-составители Ю.К. Рассамахин, Я.А. Яковлев. Томск: Изд-во Том. ун-та, 2004. 106 с.
Первый музейный форум Томской области, 29 октября – 1 ноября 2007 г.: каталог / Департамент по культуре Томской области, Томский областной краеведческий музей, Томский областной художественный музей. Томск, 2009. 50 с.
Путеводитель по фонду книжных памятников Томского областного краеведческого музея им. М. Б. Шатилова / [составитель текста Т.П. Карташова; редакторы: В.А. Есипова, К.Н. Ширко]. [Томск, 2016]. 44 с.
Самопрялки из фонда Томского областного краеведческого музея: каталог / [сост. Е.Р. Фендель]. Томск: Изд-во Том. ун-та, 2002. 120 с.
Селькупская этнографическая коллекция Колпашевского краеведческого музея: каталог / авт.-сост. А. А. Пихновская. [Томск: Ветер, 2007]. 279 с.
Старец Федор Кузьмич Томский: [комплект из 14 фотографий] / [Томский областной краеведческий музей; сост. Л. Ю. Исаева]. [Томск:, 2010]. 14 отд. л. откр. (в обл.).
Старообрядческая «библиотека Нифантовых» из фондов Томского областного краеведческого музея: каталог/ сост. О.Н. Бахтина, Е.Е. Дутчак, Е Г. Захарова. Томск: Изд-во Том. ун-та, 2005. 102 с.
Старопечатные книги Томского государственного объединенного историко-архитектурного музея: каталог / сост. О.Н. Бахтина при участии Н.Ж. Ветшевой. Новосибирск, 1996. 177 с.
Томский областной краеведческий музей. Научный архив Томского областного краеведческого музея им. М. Б. Шатилова / Е.А. Андреева, О.Ю. Тимофеева; ред. К.Н. Ширко]. [Томск, 2015]. 26 с.
Хантыйская коллекция ТОКМ: каталог / составитель Н. А. Тучкова. Томск: Изд-во Том. ун-та,, 2001. 185 с.
Хантыйская коллекция Томского областного краеведческого музея: каталог / сост. Н.А. Тучкова. Томск: Изд-во Том. ун-та, 2001. 185 с.
Художественное чугунное литье XIX – нач. XX вв.: каталог / составитель Е.А. Андреева. Томск: Ветер, 2009. 47 с.
Шпанский, Андрей Валерьевич. Каталог коллекции четвертичных млекопитающих Томского областного краеведческого музея. Томск: Изд-во Том. ун-та, 2000. 100 с.
Этнографические рисунки И. Г. Георги: из фондов ТОКМ / составители: Л.А. Тимофеева [и др.]. Томск: Изд-во Том. ун-та, 2002. 50 с.
Эхо пушкинской эпохи в Сибирских Афинах: каталог литературно-художественной выставки, посвященной 200-летию со дня рождения А. С. Пушкина, 23 апреля – 20 июня 1999 г. / Томский государственный университет, Научная библиотека; Томский областной художественный музей; Томский областной краеведческий музей; [авт.-сост.: Г.С. Гурьева и др.; ред. кол.: Г.И. Колосова (отв. ред.) и др.]. Томск: Изд-во Том. ун-та, 2000. 141 с.
Земля александровская: сборник научно-популярных очерков к 75-летию образования Александровского района. Томск: Изд-во Том. ун-та, 1999. 453 с.
Земля асиновская: материалы II-х краеведческих чтений «Край родной – Причулымье», посвященных 100-летию города Асино, 21–22 мая 1996 года. Томск: Изд-во Том. ун-та, 1995–1996. Т. 1. -2
Земля верхнекетская: сборник научно-популярных очерков к 60-летию образования Верхнекетского района. Томск: Изд-во Том. ун-та, 1997. 430 с.
Земля каргасокская: сборник научно-популярных очерков. Томск: Изд-во Том. ун-та, 1996. 343 с.
Земля кожевниковская: сборник научно-популярных очерков к 75-летию образования Кожевниковского района. Томск: Изд-во Том. ун-та, 2006. 479 с.
Земля колпашевская: сборник научно-популярных очерков. Томск: Изд-во Том. ун-та, 2000. 596 с.
Земля парабельская: сборник научно-популярных очерков к 400-летию Нарыма. Томск: Изд-во Том. ун-та, 1996. 333 с.
Земля первомайская: сборник научно-популярных очерков. Томск: Изд-во Том. ун-та, 2001. 548 с.
Земля чаинская: сборник научно-популярных очерков к 100-летию с. Подгорного. Томск: Изд-во Том. ун-та, 2001. 525 с.
Комплексное исследование историко-культурного памятника «Гора Кулайка» и разработка научных основ для проекта музеефикации (с. Подгорное Чаинского района Томской области) / [отв. ред. Э. И. Черняк]. Томск: Изд-во Том. ун-та, 2017. 403 с.
Лар-ях – народ с заливных лугов. Этнографическая коллекция ваховских ханты в Томском областном краеведческом музее: альбом / Н.А. Тучкова, А.Г. Тучков; отв. ред. Я.А. Яковлев. Томск: ГалаПресс, 2003. 79 с.
Мезенцева Л.В. Нарым. Новосибирск: Западно-Сибирское кн. изд-во, 1984. 84 с.
Нарымское Приобье во II тысячелетии н.э. (X-XX вв.): монография / А.И. Боброва [и др.]; Томский государственный педагогический университет (ТГПУ); [отв. ред. А. Г. Тучков]. Томск: Изд-во Том. гос. пед. ун-та, 2016. 278 с.
Томск – вклад в Победу / Музей истории Томска, Томский областной краеведческий музей им. М. Б. Шатилова. Томск: Партнер, 2015. [20] с.
Томский край в военной истории России / К.А. Чернов, З.А. Игнатенко, Е.А. Андреева]. Томск, 2019. 55 с.
Томское казачество на службе Отечеству / К.А. Чернов, Е.А. Андреева, З.А. Игнатенко и др. Томск, 2019. 48 с.
Яковлев Я.А. Иллюстрации к ненаписанным книгам: Саровское культовое место. Томск: Изд-во Том. ун-та, 2001. 273 с.
Кроме того, «Труды» музея, 1–19 тома, выложены на сайте Томской областной библиотеки им. М.Б. Пушкина.
Азы генеалогического поиска: методическое пособие / составители: Т.Ю. Назаренко, С.В. Бубнова. Томск, 2019. 47 с.
Генеалогический поиск в деталях: по материалам методического пособия «Азы генеалогического поиска» / сост. Т.Ю. Назаренко. Томск, 2019. 1 л. (слож. в 16 раз).
Загоскин Д.В. Азы организации музейного собрания в школьном музее: методические рекомендации. Томск, 2020. 23 с.
Рабочая тетрадь краеведа-исследователя: [проект «Сибиряки вольные и невольные»] /сост. Т.Ю. Назаренко. Томск, 2014.
Устная история: опрос свидетелей прошлого и описание источников: методические рекомендации / составитель Е.А. Андреева. 2-е изд. Томск: Томский областной краеведческий музей, 2019. 38 с.