Первая синагога в Томске была открыта в 1850 г. на ул. Магистратской.
В 1901 г. начался сбор пожертвований на постройку новой синагоги.
И в 1902/4 г. на месте прежней синагоги воздвигли каменную, получившую название «Хоральной». Основные средства поступили от томского купца 1-й гильдии Ильи Фуксмана.
В 1859 г. томский купец 2-й Михаил Каминер подал прошение о разрешении выстроить в Томске за свой счёт временную молитвенную школу. В 1881 г. земля, на которой стояла «каминерская» синагога, перешла во владение купца Королёва. Община обратилась в Томскую губернскую строительную комиссию с просьбой о строительстве синагоги на приобретённом участке земли между улицами Дворянской (ул. Гагарина) и Почтамтской (пр. Ленина).
Такое разрешение было получено, и по Подгорному переулку была построена синагога.
В 1864 г. солдаты и бывшие кантонисты приступили к сбору пожертвований на выписку сефер-Торы свитка Торы. В 1865 г. его приобрели за 150 рублей.
И осенью начала функционировать временная молитвенная школа в Затеевском переулке, в доме чиновницы Новокрещёновой. Первым старостой в ней стал Герцель Цам. Так как помещение было небольшое, прихожане решили построить новое здание. На улице Нечаевской (пр. Фрунзе, 15) был куплен участок земли на имя Е.Я. Цама, на котором в 1872 г. было построено постоянное здание синагоги.
В 1906 г. здание сильно пострадало от пожара. Было решено его перестроить. К августу 1907 г. работы были завершены. Здание в мавританском стиле получило название «Солдатской».