Филиал ТОКМ вырос из музея Подгорненской средней школы, организованного учителем географии, ветераном Великой Отечественной войны, Крыцыным Никитой Поликарповичем. В 1970 г. директор школы В.Ф. Ничиперович выделил учителю-энтузиасту комнатку площадью 9 кв. м для хранения и экспонирования краеведческих материалов.
Ситуация изменилась в 1984 г. при подготовке к юбилею образования Чаинского района. Райком КПСС принял решение открыть в селе Подгорном мемориальный комплекс в память о земляках, погибших на фронтах Великой Отечественной войны и создать краеведческий музей. Создание экспозиции было поручено Н.П. Крыцыну, художественное оформление преподавателям местной художественной школы О.М. Ивановой и С.А. Кузнецовой. Для музея был выделен небольшой зал в картинной галерее. 23 декабря 1987 г. музей, получивший официальный статус «Школьный музей» был переведен в помещения второго этажа здания, освобожденного сельским Советом.
23 марта 1990 г. был подписан приказ по управлению культуры исполкома Томского областного Совета народных депутатов о создании с 1 апреля 1990 г. Подгорненского краеведческого филиала Томского государственного объединенного историко-архитектурного музея.
В 2018 году Подгорненский краеведческий музей был переименован в «Музей кулайской культуры», отдел ОГАУК «ТОКМ им. М.Б. Шатилова», экспозиция которого полностью посвящена артефактам древней культуры, получившей название — «Кулайская».
Сегодня музей насчитывает 8 962 единицы хранения, из них 3 536 предмета основного фонда и 5 426 научно-вспомогательного. Наиболее многочисленную часть коллекции (403 экспоната) представляют предметы документального и книжного фондов. В числе ценных экспонатов — книги, изданные в 1898 г.: «Осьмогласник» и «Евангелие» на татарском языке, «Поминание» 1911 г., учебник географии 1910 г. и уникальный «Перечень исповедующихся Томской духовной консистории 1915 г.». Привлекают внимание представленные в экспозиции «Палеонтологические находки» фрагменты костных останков, бивни и зубы мамонта.
Гордостью музейной коллекции является выставка «Гора Кулайка — исторический, культурный и археологический памятник Чаинского района», на которой представлены предметы знаменитой археологической культуры раннего железного века (V в. до н.э.- V в. н.э.).