Музей учрежден в 1989 году и размещается в здании следственной тюрьмы ОГПУ-НКВД (1923–1944 гг.). Единый комплекс с музеем представляет Сквер Памяти, в котором установлены памятник жертвам массового террора и мемориальные знаки о репрессированных народах. Постоянная экспозиция не только рассказывает о Следственной тюрьме (реконструкции кабинета следователя, камеры предварительного заключения), но и дает возможность окунуться в атмосферу тех лет, что позволяет более полно понять суть происходивших в стране событий, понять на примерах нашего региона механизм и масштабы массовых репрессий.
Среди экспонатов - подлинные документы и копии следственных дел, личные вещи репрессированных, предметы быта и искусства, сделанные заключенными в лагерях. Среди представленных персоналий – не только общественные и культурные деятели, ученые: А.В. Адрианов, М.Б. Шатилов, Р.С. Ильин, Н.А. Клюев, Г.Г. Шпет и т.д., но и рядовые граждане, попавшие в жернова репрессий.
Музей участвует в реализации совместных проектов с общественными организациями и музеями из других регионов нашей страны, поддерживает тесные отношения с национально-культурными объединениями, архивами, учебными заведениями России и зарубежья. Организация деятельности по увековечиванию памяти жертв массовых репрессий на территории современной Томской области в 1920–1950-е годы и объективное представление этих событий – основная задача Музея.