В фонде музея хранится более 18 тыс. фотографий, датируемых концом XIX в. по сегодняшний день. Это снимки видов города, портреты сибирских и томских общественных деятелей и учёных, фотографии, запечатлевшие революционные события 1917 г. в Томске. Великую Отечественную войну, повседневную жизнь горожан. Интерес вызывают фотографии этнографических, географических и геологических экспедиций.
Коллекция фронтовых фотографий В. А. Кондратьева
       
       
| Площадь Батенькова в начале 1960-х годов. На остановке перед зданием городского комитета КПСС стоит  поезд из трамвайных вагонов КТМ-1/КТП-1, ныне в здание размещён Ленинский районный суд.  | 
"На ст. Томск I.  Фото В.И. Соловкина г. Томск 1910 г. июль"  | 
"Торгующий лама". Путешествие  Г.Н. Потанина в среднюю часть большого Хингана летом 1899 г.  | 
				
								
					Коллекция фронтовых фотографий Кондратьева В. А.