В личных коллекциях фонда документов сконцентрирована значительная часть музейного собрания, в них находятся предметы, тесно связанные с жизнью и деятельностью отдельных людей и их семейств. Отдельные фонды посвящены знаменитым землякам: просветителю, книготорговцу и меценату П.И. Макушину; путешественнику, ученому и общественному деятелю Г.Н. Потанину; дирижеру
М.И. Маломету; космонавту Н.Н. Рукавишникову, семье Залесских. Немало коллекций связано с именами томских ученых: медиков (А.Г. Савиных, Г.Е. Сибирцев,
Д.Д. Яблоков, С.П. и Р.С. Карповы), археологов и этнографов (А.В. Адрианов,
А.П. Дульзон, И.М. Мягков) деятелей культуры, искусства, спорта, деятелей революционного движения, участников Великой Отечественной войны, передовиков производства.
Коллекция содержит письма мужчин (отца и сына) семьи Залесских, также в ней имеются письма знакомых семьи, личные документы членов семьи, фотографии.
Петр Иванович Макушин (1844-1926 гг.) - книготорговец и книгоиздатель, меценат, почетный гражданин г. Томска и Сибири, один из самых известных в Сибири и влиятельных представителей крупного бизнеса общероссийского масштаба, внесшего колоссальный вклад в развитие культуры и образования в г. Томске и губернии.
Коллекция продолжает знакомство с деятельностью П.И. Макушина по созданию библиотечной сети в Томской губернии.