Фонд документов – одно из крупнейших собраний музея (более 20 000 ед.), включающих рукописные и печатные материалы на бумажных носителях с XVII в. до современности. Это делопроизводственные материалы, общественно-политические документы, документальные источники учреждений, предприятий и организаций, материалы личного происхождения. Основной массив источников приходится на конец XIX – XX в.
К наиболее ранним документам относятся: «Отписка тобольских воевод Черкасских тарскому воеводе М.И Вельяминову о посылке вина» (1698 г.) и «Благословенная грамота митрополита Сибирского и Тобольского Филофея Лещинского на то, чтобы часовне Святителя Николая в Семилуженской деревне быть церковью» (1708 г.).
Из материалов досоветского периода большую научную и музейную ценность имеют личные фонды и коллекции Г.Н. Потанина, П.И. Макушина, М.И. Маломета и др.
В составе собрания находятся подборки театральных афиш и программ 1850-1919-х годов, рекламных проспектов торговых фирм начала XX в., ученические и студенческие документы: тетради, дневники, похвальные листы и дипломы, комсомольские путевки, рапорты и грамоты советского времени.