Книжный фонд краеведческого музея (8980 ед.) сформирован из коллекций и единичный поступлений, переданных в 1980-е годы из библиотеки музея, а также поступивших в фонд музея путем закупки у населения, дарения и экспедиционных сборов.
В первые годы Советской власти в Краевой музей попала часть библиотек Томского Алексеевского реального училища, востоковеда А.М. Полумордвинова, старообрядческого наставника А.Н. Нифантова. В библиотеку музея поступали издания из государственных учреждений Томской губернии, общественных организаций (Общество изучения Сибири, Общество сибирских инженеров и др.), частных собраний. В результате экспедиционной деятельности в 1982–1983 гг. музеем была приобретена старообрядческая «Заимочная» коллекция книг на бересте. Многие книги поступали в дар от известных писателей (Г.М. Марков, Г.Е. Николаева, М.Л. Халфина), ученых, общественных и государственных деятелей.
Фонд состоит из нескольких исторически сложившихся коллекций на русском, французском, английском, немецком, китайском и других языках. Хронологические рамки книжного фонда охватывают период с XVI в. по настоящее время. Основной массив источников приходится на конец XIX в. – 1970-е гг.
В книжном собрании музея особенно ценной является коллекция славяно-русских рукописных книг.
Коллекция книг кириллической печати XVI–XX вв. насчитывает 200 предметов основного фонда.
Самый большой раздел фонда составляют книги, брошюры, периодические и продолжающиеся издания, напечатанные в России в XVIII–XX вв.
Коллекция книг на иностранных языках универсальна по составу и состоит из 475 предметов.
Музейное собрание региональной книги по количеству, видовому и тематическому разнообразию занимает в г. Томске одно из лидирующих мест.