В фонде музея хранится более 18 тыс. фотографий, датируемых концом XIX в. по сегодняшний день. Это снимки видов города, портреты сибирских и томских общественных деятелей и учёных, фотографии, запечатлевшие революционные события 1917 г. в Томске, Великую Отечественную войну, повседневную жизнь горожан. Интерес вызывают фотографии этнографических, географических и геологических экспедиций.