За многолетнюю историю музея несколькими поколениями сотрудников собраны богатые коллекции. В настоящее время численность музейного фонда превышает
230 тысяч единиц хранения на 01.01.2019 г.
Музей – это одновременно хранитель опыта минувших поколений и зеркало современности. Здесь сосредоточены ценные свидетельства истории Томска и томского края. Без чувства сопричастности к истории своей земли, к жизни предков невозможно ощущение Родины. В музее эта сопричастность переживается особенно эмоционально и непосредственно.