В настоящее время Томский областной краеведческий музей имени Михаила Бонифатьевича Шатилова является крупнейшим учреждением культуры на территории Томской области.
В состав ТОКМ входят отделы не только на территории города Томска, но и на территории Томской области.
Центральный государственный музей Томской области
Приближается к своему столетнему юбилею Томский областной краеведческий музей – «зеркало» нашего края, хранитель его истории, одно из старейших учреждений культуры Томской области.
Отдел «Центр изучения исторической памяти «Следственная тюрьма НКВД»
Учрежден в 1989 году и размещается в здании следственной тюрьмы ОГПУ-НКВД (1923-1944 гг.).
Асиновский краеведческий музей
Отдел Томского областного краеведческого музея в г. Асино Томской области.
Колпашевский краеведческий музей
Создан на базе Нарымского окружного музея краеведения, перевезённого из с. Парабели в административный центр Нарымского округа – раб. пос. Колпашево осенью 1936 г.
Музей кулайской культуры
Отдел ТОКМ вырос из музея Подгорненской средней школы, организованного учителем географии, ветераном Великой Отечественной войны, Крыцыным Никитой Поликарповичем.
Архив
Музейный архив, являясь научным подразделением Томского областного краеведческого музея, хранит исключительные по своей значимости документальные богатства.
Библиотека
Библиотека музея (пер. Спортивный, 13 / ул. Гоголя, 31)
ведет свою историю с момента открытия музея в 1922 году.
Центр начала наук «Точка гравитации»
Центр начала наук «Точка гравитации» — это современное технологически оснащенное пространство, в котором посетители вне зависимости от возраста и статуса могли бы в буквальном смысле прикоснуться к основам науки
Филиал Музея Победы
В 2018 году Томский областной краеведческий музей стал общественным филиалом Музея Победы.