Археологическое собрание
Археологический фонд музея – самый большой, насчитывает более 100 тыс. единиц хранения и хронологически охватывает время от эпохи палеолита до наших дней.
Восточная коллекция
«Изюминкой» музея является любимая томичами «восточная» коллекция, насчитывающая более 1500 предметов.
Естественно-научная коллекция
Естественно-научная коллекция представлена разделами: зоология, палеонтология, ботаника, геология. Экспонаты коллекции отображают в первую очередь многообразие природы Томской области.
Изобразительные источники
На сегодняшний день фонд изобразительных источников включает в себя более 5 тысяч работ, выполненных в технике живописи (акварель, масло), графики, литографии, гравюры.
Керамика, стекло
Фонд керамических изделий насчитывает около 1,5 тыс. предметов.
Собрание стекла – около 300 предметов.
Личные коллекции
Численность единиц хранения в ЛК варьируется от 56 до нескольких сотен.
Оружие
В музее сформировалась разнообразная по составу коллекция, включающая образцы русского, европейского и восточного холодного, огнестрельного и защитного вооружения XV – середины XX века.
Письменные источники
Фонд письменных источников ОГАУК ТОКМ им. М.Б. Шатилова является частью музейного фонда и ведет свою историю с момента открытия музея в 1922 г.
Ткань, кожа, кость
Коллекция ткани, кожи, кости небольшая по объему (2000 пр.), но разнообразна по составу.
Первые поступления начались в 1922 году. Основная масса предметов относится к XIX–XX вв.
Нумизматика, бонистика, сфрагистика, фалеристика
