Формирование архива началось с первых лет деятельности музея. В 1920-е годы музейное собрание активно пополнялось документами, поступавшими из архивов отдельных учреждений и органов управления дореволюционного Томска и Томской губернии. Тогда же в музей (а впоследствии и в архив) поступили первые материалы будущих личных фондов архива.