Сергеева Надежда Яковлевна была принята в музей научным сотрудником отдела пропаганды в 1979 г. и утверждена в должности директора приказом Управления культуры Томского облисполкома № 179 от 11.06.1986 г.
В июле 1986 г. музейная экспозиция была закрыта и демонтирована, работал только выставочный зал. Музеем был получен специальный автобус с выставкой голограмм «Отечественные ордена и медали».
В 1987 г. при музее создается клуб «Сибирские Афины», ставится выставка «Портрет старого Томска», имевшая немалый успех, и еще одна – «Хроника трех революций»
В тот же год в состав ТГОИАМ вошел Асиновский музей, в 1989–1990 – Подгорненский.
В апреле1988 г. из-за ремонта были закрыты выставочные залы. В связи с этим в 1990–1996 гг. выставки проводятся на «чужой» территории: школы, техникумы, ТВВКУС, г. Северск и пр. В 1992 г. отмечается 70 лет краеведческому музею выставкой «Наше наследие».
При Надежде Яковлевне был проведен ряд экспедиций:
1991–1995 гг. – археологические экспедиции Яковлева Я. А.
1992–1998 гг. – этнографические экспедиции Тучковых А. Г. и Н. А.
1994 г. – историко-краеведческая экспедиция Андреевой Е. А. и Кутиловой Л. А.
В 1993–1994 гг. в газете «Красное знамя» публиковалась серия очерков «Старые вещи расскажут».
В 1995 г. была проведена первая внутримузейная конференция по итогам работы 1994 г. Она положила начало традиции проведения подобных мероприятий, получивших название «Шатиловские чтения» в честь М. Б. Шатилова.
После 30-летнего перерыва возобновилось издание Трудов ТОКМ: 1994 г. – том 7 1995 г. – том 8, 1996 г. – том 9
(при Н.Я. Сергеевой книга была сдана в набор и подписана к печати 20.11.1996).
Начали издавать серию книг об истории районов: «Земля Асиновская» в 2 томах (1995)», «Земля Каргасокская (1996), «Земля Парабельская (1996).
В 1996 г. в музее появился первый компьютер.
Надежда Яковлевна была уволена приказом Комитета по культуре, кинофикации и туризма Администрации Томской области № 233 от 09.07.1996.
Статья из книги:
Л.Н. Приль НЕМЫЦКАЯ НАДЕЖДА ЯКОВЛЕВНА – МУЗЕЙНЫЙ ДЕЯТЕЛЬ, ДИРЕКТОР ТОКМ В 1986–1996 ГГ. // ТОМСКИЕ МУЗЕИ. Краеведческий музей им. М.Б. Шатилова. Муниципальные музеи: Материалы к энциклопедии «Музеи и музейное дело Томской области» / Под редакцией Э.И. Черняка. – Томск: Изд-во Том. ун-та, 2012. С 259–262.