Бударин Владимир Николаевич работал директором с 2005 г. по 2010 г. При нем были осуществлены следующие проекты и мероприятия:
- Издание «Трудов ТОКМ»: том 14 (2007), том 15 (2008), том 16 (2010)
- Издание газеты «Мой краеведческий»: № 1 – май 2009, № 2 – сентябрь 2009
- Издание книги Л. Исаевой «Вклад А.Л. Шиловского в изучение и сохранение памятников архитектуры в Томске» (электронный вариант).
- Издание открыток «Михаил Щеглов» и «Старец Федор»
- Издание каталога «Каслинское литье» и буклета о музее
- Первый Музейный Форум – с 29 октября по 1 ноября 2007
- Открытие 2-х залов постоянной экспозиции в День музеев (2009 и 2010)
- Капитальный ремонт, реконструкция и реэкспозиция Отдела природы. Капитальный ремонт и ввод в строй музея в городе Асино
- Акция «Ночь в музее» (в 2007, 2008, 2009, 2010)
- Проведение выставок ТОКМ в других регионах страны:
1.Москва, «Войди в мой мир, потомок» в Москве (2006)
2.Москва, Интермузей-2008 , «Старец Федор» (2008)
3.Салехард, «Восток глазами русского офицера» (2008-2009)
4.Эстония, «Кулайская таежная цивилизация», «Архитектурный облик Томска за четыре века» (2009)
– Присвоение музею имени М.Б. Шатилова (2010)
С 2 ноября 2010 г. по 11 сентября 2011г. обязанности директора исполняла Зоркальцева Светлана Ивановна.