Федотов Зиновий Наумович был принят в качестве директора музея в 1960 г., но до 15 февраля 1961 г. продолжал работать методистом по совместительству в Томском областном Доме народного творчества. При нем музей принимал участие в подготовке выставки достижений народного хозяйства Томской области (открытие состоялось 15 октября 1960 г.)
В 1962 г. комиссия обкома КПСС проверяла работу музея и нашла её неудовлетворительной, вследствие чего Федотов З.Н. был освобожден от должности директора и переведен на должность заведующего отделом советского периода.