Видный общественный и политический деятель, известный исследователь Сибири, министр туземных дел Сибирского Временного правительства, публицист, этнограф, экономист.
Родился 23 мая 1882 г. в с. Смоленское Бийского округа Томской губернии в семье сельского учителя. Окончил Томскую духовную семинарию, юридический факультет Императорского Томского университета, два года был слушателем историко-филологического факультета. В 1909 г. Шатилов стал членом совета Томского общества изучения Сибири.
В сентябре 1911 г. стал помощником присяжного поверенного Омской судебной палаты и определен на должность при томском окружном суде. Со студенческих лет сотрудничал в томской газете «Сибирская жизнь»; в 1914-1916 гг. издавал и редактировал журнал «Сибирский студент».
С первых дней Революции 1917 года вступил в Партию социалистов-революционеров, занялся активной общественно-политической работой: был помощником комиссара Временного правительства в Томской губернии, членом Исполнительного комитета Томского губернского народного собрания; редактировал газету «Голос свободы». Был избран депутатом Учредительного собрания по Алтайскому избирательному округу.
Шатилов поддерживал идеи Г.Н. Потанина об автономии Сибири, подготовил резолюции 1-й сессии Томского губернского народного собрания - «Об областной думе» и «По областному самоуправлению». Участвуя в работе Сибирского областного съезда в Томске (8 - 17 октября1917 г.), выступил с докладом «Сибирь как составная единица Российской Федеративной Республики», был избран в состав Временного исполнительного комитета Сибирского областного съезда. В декабре1917 г. на Чрезвычайном Сибирском областном съезде был избран от фракции социалистов-революционеров в состав Временного Сибирского областного совета. Участники нелегальной сессии Сибирской областной думы в Томске в ночь на 29 января 1918 года избрали Шатилова, находившегося под арестом в красноярской тюрьме, в состав Временного правительства автономной Сибири. После падения советской власти в Сибири 30 июня 1918 года в Омске Шатилов вошел в состав Временного Сибирского правительства в качестве министра туземных дел. 21 сентября1918 г. он был арестован, под угрозой расстрела был вынужден сложить с себя полномочия министра и вернуться в Томск. До 1919 г. работал уполномоченным Сибирского союза земств и городов. После восстановления советской власти в Сибири Шатилов работал в Томском университете на кафедре «Туземное право и быт» (1920-1922 гг.).
В 1922-1933 гг. М. Б. Шатилов - директор Томского краевого музея. На этой должности он проявил себя как замечательный ученый-этнограф. В 1924 г. и 1926 г. организовал и провел этногафические экспедиции в Нарымский край, на р. Вах, собрал и обобщил большой фактический материал, подготовил монографию «Ваховские остяки». В 1927-1928 гг. занимался изучением русского населения, жившего в бассейнах р. Чулым и Шегарка. Во время поездок он собрал большие коллекции для Томского краевого музея. Был инициатором создания и активным членом Общества изучения Томского края при музее.
В декабре 1923 г. в газете «Красное знамя» появилось «Письмо в редакцию» Шатилова, в котором он заявил о давнем выбытии из рядов Партии социалистов-революционеров и об отходе от всякой политической деятельности. Тем не менее он находился под пристальным надзором органов ВЧК - ОГПУ и неоднократно ими задерживался (1920,1921,1931). В апреле 1933 г. был арестован по сфабрикованному обвинению в принадлежности к организации «Белогвардейский заговор», 5 августа 1933 г. коллегией ОГПУ СССР был осужден на 10 лет исправительно-трудовых лагерей. Отбывал наказание в Соловецком лагере особого назначения. В ноябре 1937 г. особая тройка управления НКВД по Ленинградской области приговорила Шатилова к расстрелу. Место захоронения осталось неизвестным.
В 1959 г. М.Б. Шатилов был реабилитирован.
Шатилов был женат на Ольге Александровне (умерла в 1967 году), работавшей в Томске учительницей, их дети - Игорь и Галина.