Музей хранит более 11 тыс. предметов, отражающих быт и культуру не только коренных народов Среднего Приобья – татар, селькупов, хантов, эвенков, но также шорцев, алтайцев, якутов, тувинцев, узбеков, украинцев, белорусов, чувашей и др. В коллекции представлены предметы, всесторонне характеризующие культуру русского населения
Сибири.
В фондах Томского областного краеведческого музея имеется уникальная комплексная коллекция предметов татарского быта, отражающая культуру томских татар.
Хантыйская этнографическая коллекция формировалась на протяжении всего периода существования музея экспедиционными сборами разных лет.